Yayasan Pendidikan Pondok Pesantren Matsaratul Huda (YP3M) Panempan Pamekasan merupakan salah satu Yayasan Pendidikan Pondok Pesantren Tradisional di Madura. Pondok Pesantren ini terletak di Dusun Taman Desa Kangenan, Kecamatan Pamekasan, Kabupaten Pamekasan. Lokasi pesantren yang berada di pinggiran kota Pamekasan tersebut didirikan oleh salah satu ulama yaitu KH. Ahmad Syarqawi Miftahul Arifin. Beliau mendirikan Pondok Pesantren Matsaratul Huda pada tahun 1968 M atau tahun 1389 H dengan memegang teguh sebuah kaidah al-muhafazhah ‘ala al-qadim ash-shalih wa al-akhdzu bi al-jadid al-ashlah (memelihara hal-hal lama yang baik dan mengambil sesuatu yang baru dan kekinian yang lebih konstruktif).

KH. Ahmad Syarqawi Miftahul Arifin menempuh pendidikan di Pondok Pesantren Miftahul Ulum, Bettet Pamekasan. Selain itu, Beliau juga melanjutkan pendidikan ke Pondok Pesantren Ginggong, Kraksan Probolinggo. Akhirnya, beliau memutuskan untuk kembali ke tanah kelahirannya dan mendirikan Pondok Pesantren “Matsaratul Huda” Panempan Pamekasan. Pada awal berdirinya Pondok Pesantren Matsaratul Huda (PPM), mereka yang ingin melanjutkan pendidikannya disana, diberi izin untuk melanjutkan sekolah di luar pesantren. Salah satu alasan beliau adalah karena pada saat itu sarana pendidikan di Pesantren belum memadai dan belum ada satupun lembaga pendidikan. Seiring berjalannya waktu, jumlah santripun dari tahun ke tahun semakin bertambah.

Setelah KH. Ahmad Syarqawi Miftahul Arifin wafat pada tahun 1990 M, kepemimpinan Pondok Pesantren Matsaratul Huda (PPM) Panempan Pamekasan dilanjutkan oleh keponakan sekaligus menantu beliau yaitu Dr. KH. Kholilurrahman, SH., M.Si putra dari KH. Hasan Abd. Wafi Miftahul Arifin, Paiton Kabupaten Probolinggo. Pada tahun 1991, Pondok Pesantren Matsaratul Huda mengalami kemajuan yang sangat pesat. Di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Matsaratul Huda (YP3M), Pesantren menyelenggarakan lembaga-lembaga pendidikan formal dan nonformal semua jenjang antara lain PAUD, TK Al-Qur’an, SD Islam, MTs, SMP, MA, SMK, Madrasah Diniyah dan Lembaga Pengembangan Bahasa Asing serta forum kajian kitab kuning, Laboratorium IPA, Laboratorium Komputer, Laboratorium Bahasa dan beberapa lembaga lainnya. Adanya lembaga pendidikan tersebut membawa pengaruh positif dan menarik minat masyarakat untuk memondokkan sekaligus menyekolahkan putra putrinya ke Pondok Pesantren Matsaratul Huda. Santri yang mondok pun tidak hanya didominasi wilayah Pamekasan, tetapi dari berbagai daerah atau pulau seperti Bangkalan, Sampang, Sumenep, Pulau Kangean, Pulau Masalembu, Pulau Mandangin, Indramayu, Kalimantan, Surabaya. Sehingga jumlah santri putra-putri saat ini mencapai 573 santri.